Il restauro è stato eseguito dall’Opificio delle Pietre Dure di Firenze su incarico della Soprintendenza per i Beni Storici, Artistici ed Etnoantropologici per le province di Verona Rovigo e Vicenza, del Comune di Verona e del Museo di Castelvecchio, in tempi veramente eccezionali, così come auspicato dagli stessi enti committenti, vista l’importanza dell’opera e il profondo significato che riveste per la città di Verona.
Il restauro della Pala di San Zeno si è reso necessario perché l’opera presentava seri problemi conservativi, sia sulla superficie pittorica che sul supporto ligneo e sulla cornice, queste ultime mai trattate prima d’ora. Problemi dovuti essenzialmente a tre fattori: il naturale invecchiamento dell’opera in rapporto alle condizioni ambientali, i precedenti restauri e l’errato rimontaggio della struttura, conseguente ai numerosi spostamenti della pala nel corso dei secoli. La monumentale Pala di San Zeno (cm 480 x 450) è l’ultima opera dipinta da Mantegna a Padova prima del suo trasferimento a Mantova.
Selezionata da Napoleone per il Museo del Louvre, la Pala di San Zeno arrivò a Parigi nel 1798. Nel 1806 i due scomparti esterni della predella, raffiguranti la Preghiera nell’orto e la Risurrezione furono inviati al Musée des Beaux-Arts di Tours (dove ancora si trovano), in ‘cambio’ di due importantissime tele dell’artista: il Parnaso e Minerva caccia i vizi dal giardino delle Virtù, provenienti dallo studiolo mantovano di Isabella d’Este Gonzaga. L’elemento centrale con la Crocifissione rimase invece al Louvre. La pala fu restituita a Verona nel 1815 priva della predella, sostituita da copie di Paolino Caliari.