Soltanto dal 1572 è documentata la destinazione a sagrestia di questo luogo, a seguito dell’alluvione del 1557 e del conseguente rinnovamento della chiesa. Il vano era in precedenza una cappella sistemata nel corso del XV secolo: vi era stata dipinta una lunetta ad affresco con la “Madonna della cintola” con la dedica all’Assunzione della Madonna ed era stato apposto al centro della volta lo stemma dei committenti, la famiglia Quaratesi, che risiedeva appunto a San Niccolò ed aveva le proprie tombe di famiglia nella chiesa. Vi era inoltre una grande edicola in pietra serena di impronta michelozziana.
Giungendo a tempi piu’ recenti, la sagrestia ha subito interventi notevoli dopo l’alluvione del 1966. Ora sono tornati all’antico splendore anche altri dipinti della chiesa come l”Orazione nell’orto” e il “Compianto degli angeli su Cristo morto” opera di Francesco Botti (1645-1711), mentre altri dipinti versano ancora in cattive condizioni conservative, sempre a causa dell’ultima alluvione di Firenze.
Nel Polittico di Gentile da Fabriano risalta la raffinata cultura del pittore, in quel momento all’apice della sua fama, verso la fine del suo soggiorno fiorentino, nella primavera del 1425. Il restauro, eseguito dall’Opificio, ha consentito di recuperare elementi come le lacche lavorate delle vesti, dettagli come il sole e la luna che illuminano il cielo nello scomparto centrale o il paesaggio collinare della scena della Resurrezione di Lazzaro. Il dipinto è documentato in questo luogo sacro solo a partire dal 1862.